青海發光桿菌有關腸道菌群的初始定植有兩種觀點：觀點一，大家普遍認為胎兒在母體子宮內時，腸道處于無菌狀態，分娩時胎兒經過母體產道，接觸母體糞便、醫院環境，形成了人類腸道菌群的初期定植。觀點二，胎兒在子宮內可以接受母體的菌群。2008年，西班牙的科學家Rodr？？guez等在21例健康新生兒的胎糞中檢測到細菌，推測胎兒在子宮時可以接受母體腸道菌群的定植，并在小鼠身上做了驗證。
2011年，日本的學者Makino等證實雙歧桿菌長型亞種能夠從母體轉移到新生兒腸道。2012年，日本的科學家Mikami等同樣證明新生兒腸道的雙歧桿菌來自于母體。所以，子宮內是否有細菌仍不確定，需要嚴格的實驗設計確證。正常分娩的新生兒腸道菌群幾乎*來自于母體，刨宮產的新生兒腸道內會定植一部分醫院環境中的細菌。新生兒出生2小時后，腸道菌群迅速增殖，4-6個月時達到成年人的水平。腸道菌群隨著人年齡的增長、飲食結構的豐富，其多樣性不斷增加。1歲以后腸道菌群的種類趨于穩定，青海發光桿菌健康人整個成年期都保持穩定，進入老年后，雙歧桿菌的數量顯著下降，梭桿菌、擬桿菌數量增多。
微生物主要分布在機體與外界相通的腔道內，如呼吸道、消化道、泌尿生殖道以及體表，形成了四個微生態系統。其中胃腸道細菌的種類繁多、數目巨大，占機體微生物總量的78%。健康成人腸道內的微生物總量大約1-1.5kg，有1000多種，數量高達1014個，相比于正常人體自身細胞數量1013個，腸道微生物的數量是人類細胞數的10倍，而且編碼基因數目超過人體自身基因數目的100倍，是控制人類健康的“第二基因組”。
人體每天排出糞便干重的1/3由細菌組成，大多數為腸道細菌。數量如此龐大的腸道微生物與宿主經過長期協同進化，已經成為宿主不可分割的一部分，對維持機體健康平衡發揮著重要作用。由于人體胃腸道內的生理狀態不同，菌群的種類、分布存在一定差異。橫向來說，上消化道內細菌數量約為102-104CFU/mL；回腸內細菌數量約為106-1012CFU/mL；遠端結腸內細菌數量zui多，約為1010-1012CFU/mL。縱向來說，菌群形成三個生物層：zui深層是膜菌群，菌群緊貼粘膜表面并與粘膜上皮細胞粘連，主要為雙歧桿菌和乳酸桿菌，為腸道共生菌，對身體有益無害；中層為消化鏈球菌、糞桿菌、韋榮球菌和優桿菌等厭氧菌；表層為腔菌群，可在腸腔內游動，青海發光桿菌主要為大腸桿菌、腸球菌等需氧和兼性需氧菌。